Uitzicht op het fort van St Angelo

Het bouwtijdstip is onbekend. Prehistorische of klassieke gebouwen worden vermoed in de buurt van de locatie vanwege enkele grote blokken hardsteen en een roodachtige granieten kolom op de top van het fort. De tempel wordt ook genoemd in Romeinse teksten en zou gewijd zijn aan Juno of Astarte. De tempel bevond zich mogelijk in de omgeving van het huidige fort. Het leggen van de eerste steen wordt ook vaak aan de Arabieren toegeschreven, hoewel er geen concreet bewijs is dat dit in 870 na Christus dateert. De vermoedelijke oorsprong als vesting ligt in de periode van de Hoge en Late Middeleeuwen. In 1220 na Christus benoemde keizer Frederik II van Hohenstaufen voor het eerst zijn eigen kastelein voor Malta, die de belangen van de Duitse kroon op Malta moest veiligstellen en een plek nodig had om te wonen.Toen de Maltezers onder leiding van Piero de Ponte in 1530 op Malta aankwamen, besloten ze zich in Birgu te vestigen en Fort St. Angelo werd de zetel van de Grootmeester, inclusief de renovatie van het huis van de kastelein en de Sint-Annakapel St. Anna”) noodzakelijk gemaakt.Het gebruik van het fort was gegarandeerd aan de Orde van Malta. De garantie dekt het bovenste deel van het fort, de zetel van de Grootmeester en de Sint-Annakapel. Een overeenkomstig verdrag waarbij de Orde beperkte extraterritorialiteit voor dit deel van het fort verleende, werd op 1 november 2001 geratificeerd. Andere delen van de faciliteit werden gehuurd van de Cottonera Waterfront Group, een particulier consortium.Op 5 maart 2012 maakte de Maltese regering bekend dat het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling € 13,4 miljoen had goedgekeurd voor de restauratie van het fort. In 2015 zijn de restauratiewerkzaamheden voltooid en sindsdien is het fort weer opengesteld voor het publiek.